1、黄瓜和番茄生长所需要的气候不同
黄瓜在32~37°C和80~85%髙湿的条件下生长良好，空气干燥时黄瓜生长速度缓慢，产量下降；番茄在22~26°C的中温和40~45%较低的空气湿度条件下生长良好，温度过高，生长受抑，高温髙湿则易发生徒长和病害。再者，两个作物都需要较高的光照强度，旺长期会互相遮光。低光照下番茄植株徒长会落花落果，影响光合作用，造成减产。
2、根系深浅不同，中耕浇水不便
黄瓜根系浅，吸水能力弱，要求经常浇水使土壤保持湿润，而番茄根系较深耐旱，可吸收土壤深层的水分。再者，番茄要求经常中耕，促使其发生新根和根系下移，而中耕会伤害处于土壤浅层的黄瓜根系，黄瓜根系的再生能力很弱，受伤后不易产生新根。黄瓜和番茄的根系分泌物相互抑制，不宜间作种植。
3、病害相互传播，间作有害无益
黄瓜和番茄有灰霉病、疫病、病毒病等共同病害。大棚建设同时种植在一起，会通过蚜虫在二者之间迅速传播，导致蔬菜产量降低，品质下降，乃至绝收。
