大棚中不同的西红柿品种，管理上是有区别的。主要有以下几点：
一、各种不同品种的栽培密度不同
西红柿有抗病毒与不抗病毒两种，其中不抗病毒西红柿品种在春季种植面积相对较大。采取适当密植、均匀栽培的方式，操作行适当窄一点，种植行稍宽一点，透光仍然很好，而且降低了棚内温、湿度变化，可以预防裂果、皴皮。
抗病毒品种是现在秋冬季节棚室栽培的主要品种。建议菜农不管是抗病毒品种还是不抗病毒品种，定植都不宜太密，避免造成枝叶郁闭，影响通风透光。要根据品种的特性，合理安排种植密度，长势旺的适当稀植，长势弱的适当密植，既要保证通风透光良好，又可保证较大的有效光合面积，才能提高棚室蔬菜整体产量。
二、品种不同，蔬菜大棚施肥量与种类也有不同
品种不同，长势强弱也会有所不同，对肥料的的需求也存在一定的差异。很多抗病毒的品种植株长势旺盛，但要求土壤肥力必须充足，否则植株长势会明显变弱，果形变小，严重影响产量和品质，所以，可以适当多用些有机肥。西红柿对钙等中微量元素的需求量较大，尤其是一些抗病毒品种，对缺素比较敏感，一旦吸收不足，脐腐病、青皮果等生理性病害就会发生，而且非常严重。建议菜农根据土壤肥力状况合理配肥。
三、整枝打叉方法不同
一些西红柿长势强，容易徒长，影响开花坐果，因此，不少菜农在西红柿生长前期将植株歪倒，让茎秆贴近地面生长，这样可以有效控制植株旺长。一些抗病毒品种，则不必这么做。
另外，在疏除侧枝、摘叶、整枝打叉等方面，也要根据品种的特性，既要看植株长势，也要考虑到果实成熟度、防病等多个方面，合理操作，才有利于获得高产。
四、不同品种的抗病性不同，所以在防病上也不同
温室大棚抗病毒西红柿品种在抵御其他病害上大不如普通品种，对灰叶斑病、细菌性髓部坏死、溃疡病等抵抗力差，发病严重。所以，菜农种植这些品种时要提前预防，减少病虫害。
