大棚蔬菜施肥一定要讲究科学，在生产过程中要务必注意以下七个方面的施肥要素。
农家肥要腐熟
大棚蔬菜施用农家肥时要充分腐熟。因为没有经过腐熟的农家肥存在有病菌和虫卵，如果给蔬菜施用后，容易使病害得到传播。
另外，如果将农家肥放到大棚里再进行腐熟，将会产生氨气，烧伤菜苗。因此，农家肥要充分腐熟后再施用。
沼肥因为通过厌氧发酵，基本杀灭了所有有害病菌和虫卵，还可以疏松土壤，是优质农家肥，应当大力推广使用。
施肥方法要合理
底肥最好在蔬菜定植一周前施用，并且要与土壤混合均匀。追肥可以在距离植株7—10厘米的地方沟施或者穴追。追肥后要及时盖土、浇水，千万不要将肥料直接撒在地面或植株上，以免肥料挥发或烧伤蔬菜秧苗。
根外追肥，应该在蔬菜需要肥料的高峰期及蔬菜生长后期。最好选择在阴天或傍晚的时候进行，尽量将肥液喷到新叶及叶子背面，以利于蔬菜吸收。
化肥施用要适量
大棚内的肥料不容易流失，过度施用化肥，会引起土壤中盐类浓度增加，导致土壤的盐渍化。
要控制氮肥，增施磷钾肥，要禁止或限量施用的氮肥是硝酸铵、硝酸钾以及含硝态氮的复混肥。在大棚蔬菜管理上，要增加通风时间，增强光照强度，这样可减少蔬菜硝酸盐的含量。
大棚蔬菜不宜施含氯化肥。因为氯离子能降低蔬菜中的淀粉含量，使品质变劣，而且残留于土壤中易造成土壤板结。
同时，要限量施用硫酸镁、硫酸铵类肥料。因为硫酸根离子，不易被蔬菜吸收，长期施用会残留在土壤中，危害蔬菜生长。
微肥用量要适宜
微量元素肥料在蔬菜上需求量虽然很小，但它在蔬菜代谢中的作用却是很大的，能大大提升蔬菜品质。目前常用的微肥有硼、钼、锌、铁肥等。微肥多做基肥施用，也可以用于拌种、浸种或根外追肥。微肥适量与过量之间的范围比较窄，所以用量一定要按照说明书把握准确，避免造成肥害。
用植物生长调节剂要得当
植物生长调节剂 (如赤霉素、乙烯利、多效唑等)如果使用合理会对蔬菜增产起到促进作用，但是每种调节剂在应用上都有一定的条件和范围，尤其要掌握好使用的时间和浓度，不能马虎大意，否则就不能达到蔬菜增产的效果。使用植物生长调节剂不当，人们长久食用会对身体健康不利。
施用生物有机肥
生物肥料含有微生物活化菌，它是由有机肥、无机肥、菌肥、增效剂复合而成的“四合一”肥料，实现了各种肥料的科学配方，优势互补，效益互促，是实现大棚蔬菜平衡施肥的最佳肥料之一；蔬菜专用型复合肥料是根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况而研制确定的，养分更齐全，营养更科学，配方更合理，针对性更强，施用后能显著提高大棚蔬菜产量和品质。
同时，施用生物有机复合肥，还有利于改良土壤，增加土壤肥力，为蔬菜生长创造良好环境。
应该大量使用沼肥
沼肥是改良大棚蔬菜地理想的肥料。
用发酵过的沼渣作蔬菜生产基肥，用沼液作各种蔬菜叶面追肥不但可使各类蔬菜苗壮、生长速度加快、抗病力增强，并且可防止病害、虫害的发生，提高蔬菜产量和质量。经跟踪测试，施用沼肥种植的果菜可提高产量20%，叶菜可提高产量30%左右。
用沼渣、沼液作为大棚内的生产用肥，不但可杀菌、灭毒、灭病、灭虫，更为主要的是可连年增加土壤的有机质，并提高地力，为无公害蔬菜生产提供足够后劲。发酵好的沼渣，是高效速效的腐熟有机肥，可随时作为各种蔬菜生产追肥。追肥一般采用刨坑穴追，追完后覆土封窝。西红柿、黄瓜、茄子、瓜类等果菜，平均每亩追肥量一次在1000－1500公斤，果菜类平均每亩可提高产量15%—20%左右
