其一，不能施用生粪，必须腐熟和经过堆制转化。要将大量分散的原生粪尿堆制成合格的有机肥，不仅需要技术，更需要劳动力。在当前农村壮劳力很缺乏的条件下，人们可随处见到生粪起出后，数月甚至半年堆积在路边与村头，任其日晒雨淋，造成粪尿类肥料的氨气挥发和氮钾养分的流失和虫卵病菌传播的严重现象。等到了生产用肥的时候，就直接上到地里。这种现象应该改变。
其二，适量施用的原则。近年来我国部分地区的大棚建设栽培蔬菜和果园生产中，每亩粪肥的施用量平均达到2吨以上，有的菜地还达10吨，这样盲目而普遍超高的粪肥施用量，造成了菜地养分富集和水体污染的形势。由于粪肥富含有机氮其分解的最终产物也是硝酸盐，同样对水体和环境可能产生污染，粪肥还可能有重金属超标等问题。
其三，粪肥的制作除了发酵转化以外，还要调节碳氮比，添加秸秆的成分，加宽碳氮比，提高粪肥的改土功能。总之，在经济作物高产体系中，有机肥的施用只有合理才可持续，那些片面偏多的施肥观念并不利于优质、安全的生产。应该说有机肥与化肥的配合施用是一项科学施肥的策略。
