在新大棚建设区要特别注意长残留药害问题，要依据用药档案查清棚地三年内是否施过氯嘧磺隆、咪唑乙烟酸、莠去津，或两年内使用过氟磺胺草醚、烟嘧磺隆等长残留性除草剂，凡是用过上述除草剂必须更换苗床土，如果情况不清，应在室内提前用药土育苗验证，观察秧苗长势是否正常。
在大棚育秧过程中除正常做好病虫害防治外，应特别注意防治蝼蛄及鼠害。（1）防治水稻青、立枯病，可用恶霉灵、瑞苗清等药剂进行床土消毒。已发生立枯病的苗床，要在发病初期及时进行药剂防治。对青枯病要注意加强苗床管理，调湿控水。同时，要选用优质壮秧剂，做到适时、适量正确使用。（2）防治水稻恶苗病，可用咪鲜胺类药剂浸种。要严格按照药剂说明浸种，浸种要浸透，催芽时，要注意通风，避免高温烧芽。（3）针对大棚育苗苗床覆土薄的特点，化学除草提倡使用安全性较高的苗后除草剂，如氰氟草酯、杀草丹、敌稗等。（4）防治苗床蝼蛄，可用5%丁烯氟虫腈苗床喷雾。（5）防治潜叶蝇可用3%啶虫咪20毫升/100平方米、5%丁烯氟虫腈40毫升/100平方米，于起秧前1~2天苗床喷雾，带药插秧。（6）防治苗床鼠害，应利用安全性高的毒饵站技术投放溴敌隆毒饵。省植保站防治科
