微生物肥料可用于拌种、浸种、蘸根、做底肥、追肥，沟施或穴施。
大棚建设栽培微生物肥料的施用方法比化肥、有机肥要严格，因此要注意：一是避免开袋后长期不用。肥料买回家后尽快施到地里，开袋后尽量一次用完。包装袋打开后其它细菌就可能浸入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。二是避免在高温干旱条件下使用。高温和干旱会影响微生物菌群的生存和繁殖，不能使肥料发挥其良好的作用。三是避免与未腐熟的农家肥或过酸碱的肥料混合使用。这两种肥料会因为温度或酸碱度而影响微生物肥料的正常发挥。四是避免与农药同时使用。化学农药都会不同程度的抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。
