番茄苗的适宜分苗次数为1～2次，以1次最为普遍。大棚建设番茄栽培不宜进行多次分苗的主要原因是：
减少伤根:因为分苗次数越多，对根系的伤害也就越重，容易造成根系过早老化。
避免形成老化苗:分苗次数过多后，根群始终得不到充分地扩展，吸收能力较弱，将会导致幼苗因营养供应不足而生长受到抑制，当幼苗受抑制的时间过长后，便会形成老化苗。
避免延长育苗期:实践证明，番茄每分一次苗，由于分苗前的炼苗以及栽苗后的缓苗原因，培育出同样大小的番茄苗，育苗时间就要相应延长5～8天，在环境条件不适宜时，延长的时间还要长。
减少对番茄苗的其它伤害:如分苗过程中小苗容易受到饥饿伤害。在花芽分化期里进行分苗，会对花芽分化产生不良影响。
