大棚建设有机蔬菜生产与常规蔬菜生产的根本不同在于病虫草害和肥料使用的差异，其要求比常规蔬菜生产高。
蔬菜施用微肥，可使蔬菜优质高产，但微肥施用量要适当，施用量过大会对蔬菜产生危害。硝酸铵和其它硝态氮肥一般不宜施用于蔬菜。因为硝态氮肥会使蔬菜中的硝酸盐含量增加，硝酸盐在人体中容易被还原成亚硝酸盐，对人体危害较大。叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥，因为蔬菜叶面喷施氮肥后，其铵离子与空气接触后，易转化为酸根离子，被叶片吸收，加上叶菜类蔬菜生育期短，很容易使硝酸盐积累在叶内，人们食用后容易引起食物中毒。氯化铵、氯化钾等含氯化肥不宜施用于番茄、马铃薯、胡萝卜、白萝卜、红薯、山药、球茎茴香等。因为含氯化肥在土壤中分解后，铵或钾离子会被土壤吸附或被蔬菜吸收，浓度达到一定程度时会对蔬菜根系产生危害，严重时会造成蔬菜死亡。
