处于幼苗期的冬番茄，如果遇连日低温阴雨天气，就很容易感染猝倒病，在幼苗根颈部出现水渍状病斑后，幼苗倒地死亡。大棚建设栽培冬番茄幼苗感染猝倒病后，传染快，蔓延迅速，发生为害猖獗，死亡率高。所以，在冬番茄幼苗期要注意防治猝倒病，以保护幼苗，才能提高种植成活率。
在冬番茄幼苗种植成活后，根部淋一次600倍80%敌磺钠水溶液，或800倍50%五氯硝基苯水溶液，或1000倍50%代森铵水溶液，每株淋1~1.5公斤，均匀淋在冬番茄幼苗根部周围的土壤中。以后每10~15天叶面喷洒一次600倍20%噻菌铜水溶液，或1500倍80%恶霉灵水溶液，或800倍70%甲霜灵锰锌水溶液，或5000倍农用链霉素水溶液，连续喷洒3~5次，均匀喷湿所有的叶片，以开始有水珠顺着茎叶流向根颈部为宜。
