所谓黄瓜根系生理性死亡是指黄瓜侧根及毛细根量明显减少，根系木质部变褐或腐烂，明显死亡的根系经过一段时间恢复还能生出侧根。大棚建设栽培黄瓜根系在整个生育周期内两次明显的生理性死亡。
第一次生理性死亡是在开花后15~20天至第一果实收获时。此期，植株养分开始向生殖生长供应，由于果实截留了部分营养，使得根系不适应这种变化，因而植株侧根及毛细根发生量有所减少，后期管理不当可导致部分根系变褐或腐烂。生产上可以采取如下预防措施：根瓜采收前促根促秧让植株平衡生长；根瓜及早采摘，以免坠秧；根瓜采收前后加强肥水管理。
第二次生理性死亡约在腰瓜采摘中后期，即植株生长期达100天左右时开始。植株经过前期旺盛结果，此时开始步人生长后期，根系开始逐渐衰退，根量明显减少，上部叶片颜色变浅，龙头伸长速度减慢，茎细弱，植株生长明显减缓。如若管理不当，将严重影响后期产量，使植株提早拉秧。
生产上可以采取如下预防措施：①增施有机肥，改善土壤的团粒结构，为根系的生长提供良好的条件。 ②保护地生产应中耕，疏松土壤，增加土壤中的含氧量，促进根系再生。 ③调节植株营养生长与生殖生长的关系，栽培上此期不可以让植株坠大瓜，瓜条长成即采收，必要时可进行适当疏瓜。④加强植株营养及病虫害防治，及时进行叶面追肥，快速补充植株营养。叶面追肥可随病虫害防治同时进行，7~10天1次，可选用氨基酸叶面肥、糖醋液（糖1份，尿素1份，磷酸二氢钾1份，醋2份）50~100倍液。待新根大量发生，再逐渐转入正常管理。⑤喷施生长素，促进新根快发，可用0.1%萘乙酸水剂600~800倍液喷雾1次。⑥水分管理上以见干见湿为宜。
