长期使用的温室大棚，土壤不缺氮、磷、钾肥，缺的是有机质。大量施用有机肥，通过有机肥发酵可以释放大量二氧化碳供作物进行光合作用。这样可以降低成本，高产稳产。同时，施用底肥不能过量，容易造成烧苗现象。使用化肥过多，容易造成土壤板结，土壤盐碱化或酸化。
有机肥正确地使用量为：1亩地底肥鸡粪3方，牛、马粪5—8方就够植物生长到结果期。在施用底肥时，也可以适当施用生物菌剂肥料，生物菌剂肥料可以固氮、解磷、解钾，有利于土壤中的营养元素再利用。当植物生长到结果期时，早施的有机肥已分解得差不多了，此时棚内缺乏二氧化碳供植物进行光合作用，所以需追施有机肥，可用1：1的沼液作为追施，也可用1：2的沼液进行叶面追施。追施选择的时间为晴天清晨，追施时须打开风口，释放走氨气。每隔半月追施一次。
