辣椒烂果是多种病害的共同症状，但病源不同，症状各异，防治方法也不一样。
一、软腐病引起的烂果。初呈水渍状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭，果皮变白，干缩后脱落或挂在枝上。其它部位很少症状。可喷施72%农用链霉素4000倍液或50%DT杀菌剂500倍液，7天1次，连喷2～3次。棉铃虫、烟青虫是传病媒介，要及时用菊酯类农药喷杀。
二、疫病引起的烂果。多数先从蒂部染病，呈水渍状灰绿色斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其它部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。可喷64%杀毒矾与55%瑞毒霉混合液（50千克水中，两药各加100克），或58%甲霜灵锰锌400倍液，或47%加瑞农800倍液，7天1次，连喷2～3次。
三、灰霉病和菌核病引起的烂果。灰霉病以门椒、对椒发病较多，在幼果顶部或蒂部出现褐色水渍状病斑，后凹陷腐烂，呈暗褐色，表面出现灰色霉层，其它部位症状较少。菌核病由果柄发展到全果，呈水渍状腐烂，浅灰褐色，其它部位也有相似的症状。防治上述两病，温室大棚湿度大时可用速克灵烟剂薰，湿度不大时可选喷速克灵、菌核净或50%速克灵与70%甲基托布津混合液（60千克水中两药各加50克），或40%菌核净与50%扑海因混合液（60千克水中两药各加50克），6天1次，连喷2～3次。
四、炭疽病引起的落果。接近成熟时易染病。初呈水渍状黄褐色圆斑，中央灰褐色，上有稍隆起的同心轮纹，常密生小黑点。潮湿时，病斑表面常溢出红色粘稠物；干燥时，病部干缩成膜状，易破裂露出种子。叶片染病，初为水渍状褪绿斑点，后变为边缘褐色，中部浅灰色的小斑。可选喷百菌清、甲基托布津和新万生，以新万生效果最好，7天1次，连喷2～3次。
五、绵腐病引起的烂果。果实受害腐烂，湿度大时，上生大量白霉。可喷50%DT杀菌剂500倍液或14%络氨铜水剂300倍液，7天1次，连喷2～3次。
六、黑霉病引起的烂果。一般果预先发病，也有的从果面开始，初期病部颜色变浅。果面渐渐收缩，并生有绿黑色霉层。可喷50%DT杀菌剂500倍液或58%甲霜灵锰锌400倍液，7天1次，连喷2～3次。
七、日灼病引起的烂果。高温天气，果实向阳部分，受阳光直晒，使果皮褪色变硬，产生灰白色革质状斑，易被其它菌腐生，出现黑霉或腐烂。应及时浇水，改善田间小气候，均衡供水，减少该病发生。
八、脐腐病引起的烂果。果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑，后迅速扩大，皱缩，凹陷，常因寄生其它病菌而变黑或腐烂。可于着果后喷洒1%过磷酸钙或0.1%氯化钙。如病部变黑或腐烂，可按黑霉病或软腐病防治。
