对于一些包装袋内没有薄膜内袋包装的肥料，在阴雨天时很容易受潮，导致肥效降低；同时尿素在储存时如遇高温，还会导致尿素产生缩二脲，如果肥料中的缩二脲含量超过2%就会对种子和幼苗产生毒害，不利于蔬菜的生长，所以肥料购买后不能随意存放，应将肥料放在阴凉干燥的地方，对于性质不稳定或者活性肥料，菜农则应现用现买，以防肥效降低。
从肥料的特性分析，化肥只要贮存得当，包装袋不破损、不被雨淋、不受潮、不与碱性物质混放，一般都可以长期贮存，因此国家目前没有化肥保质期的规定。例如尿素、过磷酸钙、硫酸钾等化肥在阴凉干燥的仓库里可堆放20年，除了肥料产生结块儿外，养分含量等指标没有任何变化。但如果被雨淋了，肥料的氮钾就会有流失；如果受潮了，肥料中氮素就会挥发损失；如果遇到碱性物质或裸露，还会导致磷肥的有效性降低。
很多菜农都习惯在肥料价格较低时，大棚建设时蔬菜使用肥料好一次购买大量的肥料存放起来以供全年使用。这种做法虽说可行，但是对于某一些化肥来说，就很不合适了。因为菜农没有专门的场所储存肥料，随意存放，会导致一些肥料在存储过程中受潮而降低肥效，如碳酸氢铵、硝酸铵等；生物菌肥等则因储存时间过长，会导致肥料中活性菌大量死亡，使用效果大打折扣。
